Λίγοι γνωρίζουν, ότι στον Δήμο Κομοτηνής βρίσκεται ένα ξεχωριστό οικοσύστημα, που φιλοξενεί χλωρίδα και πανίδα σπάνια και ιδιαίτερης ομορφιάς.
Το φυσικό ανάγλυφο του Δήμου Κομοτηνής δίνει την ευκαιρία στους φυσιολάτρες να απολαύσουν τον ορεινό όγκο της Ροδόπης με τα παραδοσιακά χωριά και τους υγροβιότοπους, αλλά τις όμορφες παραλίες του Φαναρίου, της Αρωγής, της Μολυβωτής και της Μέσης, οι οποίες κατά την θερινή περίοδο αποτελούν πόλο έλξης επισκεπτών της περιοχής και των γειτονικών νομών, αλλά και τουριστών από όλη την Ελλάδα και κυρίως τις γειτονικές χώρες.
Το πλούσιο φυσικό περιβάλλον του Δήμου Κομοτηνής αποτελείται από περιοχές με μεγάλη βιοποικιλότητα και σημαντικό αριθμό σπάνιων ειδών και βιοτόπων (Λίμνη Μάνα, Λίμνη Πτελέα, Λίμνη Αλυκή (Μέση), Λίμνη Καρατζά (Αρωγή), Ξηρολίμνη (Λίμνη Φαναρίου), Λίμνες Βιστωνίδα, Ισμαρίδα - Λιμνοθάλασσες Πόρτο Λάγος) εκ των οποίων μεγάλος αριθμός προστατεύεται από τη διεθνή συμφωνία RAMSAR και τα Κοινοτικά προγράμματα CORINE και NATURA 2000.
Ακόμη, ο ορεινός όγκος της ανατολικής Ροδόπης, σημαντικό τμήμα του οποίου εντοπίζεται χωρικά εντός του Δήμου, φιλοξενεί πληθώρα δασικών συμπλεγμάτων, ενώ καταγράφεται και μεγάλος αριθμός Καταφυγίων άγριας ζωής.
